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Há controvérsias na teoria darwiniana pela falta emblemática dos elos perdidos entre as espécies. A teoria alternativa proposta tenta explicar essa lacuna fóssil.

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Na verdade não é a falta de elos perdidos, de correntes perdidas no registro fóssil, das quais nós estamos apenas alguns elos. 

“Bem, estamos agora cerca de 120 anos depois de Darwin e o conhecimento do registro fóssil foi bastante expandido. Agora temos um quarto de milhão de espécies fósseis, mas a situação não mudou muito. O registro da evolução ainda é surpreendentemente irregular e, ironicamente, temos ainda menos exemplos de transições evolutivas do que tínhamos na época de Darwin.”

Quem escreveu isso foi um paleontólogo chamado David Raup.

"A extrema raridade de formas transicionais no registro fossil persiste como o segredo comercial da paleontologia. As árvores evolutivas que adornam nossos livros didáticos carregam esse tipo de informação apenas nas pontas e nos nós de seus ramos; o resto é composto por inferências, que, embora sejam razoáveis, não apresentam evidências de fosseis."

Stephen Jay Gould, paleontólogo de Harvard, escreveu isso

“A expectativa colore a percepção a ponto de o fato mais óbvio sobre a evolução biológica — a não-mudança — ser raramente incorporada (para não dizer nunca) nas noções científicas de alguém a respeito de como a vida realmente evolui. Se alguma vez houve um mito, este mito é que a evolução é um processo de constante mudança.”

Eldredge e Tattersall

“A maioria das famílias, ordens, classes e filos aparecem subitamente no registro fóssil, muitas vezes sem formas anatomicamente intermediárias.”

Niles Eldredge

Stephen Jay Gould também escreveu o seguinte:

“a história da maioria das espécies fósseis inclui duas características particularmente inconsistentes com o gradualismo: 1. Estase. A maioria das espécies não apresenta nenhuma mudança direcional durante o seu período de existência na Terra. Sua aparência nos registros fósseis se parece muito com a forma que tinham quando desapareceram, geralmente, a mudança morfológica é limitada e não tem direção. 2. Aparecimento súbito. Em qualquer área local, uma espécie não surge gradualmente pela transformação constante de seus antepassados: ela surge de uma vez e ‘completamente formada.’”

Portanto o neodarwinismo, com sua concepção gradualista da evolução, não é muito plausível. Há outros modelos, como a síntese estendida, que busca corrigir lacunas do modelo anterior; a teoria dos equilíbrios pontuados, de Gould e Eldredge. E há também a proposta da Third Way, de James Shapiro. Há também o design inteligente, que não é exatamente incompatível com os modelos anteriores.

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