Os ateus não aceitam a ideia de que a Igreja, especialmente as vertentes mais radicais ou fundamentalistas, interfira na política ou nas leis que regem o Estado porque, na prática, muitos religiosos não se limitam a aconselhar apenas os seus fiéis, mas acabam tentando impor seus valores e crenças a toda a sociedade. Isso significa que suas convicções religiosas passam a influenciar a elaboração de leis que afetam diretamente a vida de todas as pessoas, inclusive das que não seguem nenhuma religião ou seguem outras tradições espirituais. Por exemplo, questões como o casamento homoafetivo, o direito ao aborto e a adoção por casais LGBTQIA+ muitas vezes são dificultadas por pressões religiosas que se infiltram na política.
Por outro lado, quando ateus ou pessoas críticas à Igreja manifestam opiniões sobre o que ela deveria ou não aconselhar, geralmente não o fazem com o intuito de interferir na liberdade religiosa, mas sim para denunciar práticas ou discursos que extrapolam o espaço privado da fé e geram consequências sociais amplas e negativas. Por exemplo, quando a Igreja defende a criminalização de certas condutas ou o boicote a políticas públicas, como o uso de preservativos, isso gera efeitos concretos na saúde e nos direitos das pessoas. Assim, o debate não é sobre impor uma visão ateísta à Igreja, mas sobre apontar os limites entre fé pessoal e políticas públicas que afetam a coletividade.
